1998년 5월15일, 수도권전철 4호선 제2종합청사역이 故 김대중 前 대통령과 김대중 정부의 지시로 정부과천청사역으로
역명을 개정했다.
1994년 4월1일 서울지하철 4호선 4단계 구간 개통과 함께 영업을 개시한 제2종합청사역은 지난 1998년 4월부터
경기도 과천시에 있는 제2종합청사가 건물 명칭을 정부과천청사로 변경하면서 경기도 과천시와 과천시청의 권고
명령에 따라 정부과천청사로 출퇴근하는 공무원들의 의견을 반영하여 지금의 정부과천청사역으로 역명을 개정했다.
상대식 승강장으로 설계된 정부과천청사역은 승객의 사상사고를 방지하기 위해 지난 2013년 7월부터 스크린도어를
설치하여 사상사고 방지와 승객의 안전을 강화했으며, 추후에는 서울지하철 4호선의 직결 노선인 과천선의 급행열차
연장 운행이 결정되면 4호선 급행열차 연장 운행 일환으로 대피 선로를 설치할 예정이다.
