2006년 8월1일, 서울지하철 3호선이 평일 열차 운행 스케줄을 전면 개편했다.
서울메트로(現 서울교통공사)와 한국철도공사는 서울메트로 소속 3호선 전동차 396량의 불연재 개조 작업이 모두
완료되고 한국철도공사 소속 3호선 전 열차의 불연재 개조 작업이 2006년 7월1일부로 모두 완료됨에 따라 이날
새벽 첫차부터 서울지하철 3호선의 평일 열차 운행 스케줄을 전면 개편했으며, 기존에 운행중인 서울지하철 3호선의
평일 운행횟수가 기존의 472회에서 12회를 감축하여 460회로 운행횟수를 조정했다.
서울지하철 3호선 구간 중 구파발~수서 구간의 평일 배차간격은 평일 러시아워 출근시간대 3분, 평일 러시아워
퇴근시간대 4분, 평상시 6분간격으로 운행하고 서울지하철 3호선의 직결 노선인 일산선 대화~구파발 구간의
평일 배차간격은 평일 러시아워 출근시간대 3~6분, 평일 러시아워 퇴근시간대 4~8분, 평상시 6~12분간격으로
운행한다.